产单核细胞李氏杆菌是一种常见的食源性致病菌，其致死率高达30%。该菌能够在高盐度、高酸度和冷藏温度等极端条件下存活和增殖，对人畜健康构成了重大威胁。然而抗生素的滥用导致药物残留和多重耐药性等问题的出现，从而使得李氏杆菌病的防治异常困难。噬菌体相关生物制剂的发展为解决以上问题提供了可行方案。本文综述了李氏杆菌噬菌体在食品保鲜、生物检测、基因工程等方面的应用，同时还探讨了噬菌体与宿主之间的互作机制，旨在为李氏杆菌噬菌体在食品污染防控中提供一定的理论依据。

遗传评估软件在动物领域的应用极大地提高了育种工作效率。随着基因组测序技术不断完善和人工智能技术的兴起，动物遗传评估软件也得到了快速的发展。本文首先介绍了常规育种和基因组育种在动物育种领域的应用，然后重点回顾了GBLUP方法、贝叶斯方法和机器学习以及深度学习方法的全基因组遗传评估软件的特点和发展历史，最后展望了计算机软件在动物遗传评估育种中的未来发展趋势，旨为动物育种领域的研究人员提供相关遗传评估软件的参考。

随着测序技术的发展，大量组学测序技术不断涌现并得以推广，产生了包括基因组、表观基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、微生物组等大量的组学数据。这些数据对深入研究和揭示畜禽重要经济性状(生长性状、繁殖性状、肉质性状、抗病性状等)的复杂调控过程具有重要意义。仅通过单一层面的组学无法揭示畜禽重要经济性状的复杂性，而多组学技术可以系统解析畜禽重要经济性状的机理和表型，并逐渐成为研究畜禽重要经济性状的主要方法。本文综述了多组学技术的方法、优点及其在畜禽重要经济性状研究中的应用，旨在对畜禽重要经济性状的研究提供参考和思路。

遗传力是衡量由遗传因素解释的表型方差的比例，在实际遗传力估计中多只考虑加性遗传效应。由于畜禽传统遗传力估计需要的系谱信息完整性和准确性较难以实现，随着基因组学的发展，以全基因组单核苷酸多态性(SNP)进行遗传力估计的方法得到广泛应用。而对SNP遗传力的准确估计有利于了解遗传变异对表型的作用程度，目前已有不少SNP遗传力估计模型被开发利用。本文主要综述了SNP遗传力的概念、常用估计方法及其影响因素，并与传统遗传力估计进行比较，探究了SNP遗传力在畜禽育种中的应用潜力。

补体调节蛋白46(complement regulator protein, CD46)在大多数哺乳动物的细胞上广泛表达。除了具有补体失活、调节T细胞活化和生育能力等多种生理功能之外，CD46也可以作为多种细菌和病毒的受体，尤其对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)和经典猪瘟病毒(classical swine fever virus, CSFV)的附着起重要作用。利用基因编辑技术特异修饰CD46成功生产出抗BVDV活牛犊，证明该基因可以作为抗病育种的候选基因。本文主要对CD46蛋白在家畜病毒感染中的作用以及在抗病育种中的应用进行综述。

雌性动物初情期是指第一次出现发情表现并排卵的时期。初情期启动机制复杂，与遗传、神经内分泌、代谢、营养和环境等因素密切相关。但动物初情期启动的具体机制仍不明确。最近的证据表明，表观遗传机制是调节动物初情期启动过程的重要协调者。本文总结了DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、染色质重塑、基因组印记、转录因子结合和X染色体失活等表观遗传机制对初情期启动的影响，为深入研究雌性动物初情期启动的机制提供参考和依据。

羽色是鸡外貌特征的重要组成部分，深入了解羽色形成的分子机制不仅有助于培育具有显著羽色特征的品种，还有助于区分和识别地方品种。鸡的羽色丰富多样，芦花羽就是其中之一，包括性连锁芦花羽和常染色体芦花羽两种羽色性状。两种芦花羽图案形成机制不同，性连锁芦花羽横斑条纹的非黑色部分的形成是因为缺乏可以产生黑色素的黑色素细胞，而常染色体芦花羽横斑条纹的非黑色部分的形成则是因为黑色素的生成受到抑制。两种芦花羽颜色深浅的形成机制相似，都是通过黑色素沉积过程中的关键基因来影响色素沉着程度。本文系统综述了芦花羽图案和颜色深浅形成的遗传调控机制，旨在为肉蛋鸡选育过程中，羽色的分子标记辅助选择提供参考依据。

群体感应(quorum sensing, QS)是细菌利用信号分子进行种内或种间交流的一种通讯机制，借助该通讯机制微生物群体可以实现微生物个体无法完成的生理功能或行为调节，如生物膜形成、毒素分泌和生物发光等，以增强对外界胁迫环境的适应性。近期多组学研究发现，以自体诱导物-2(autoinducer-2, AI-2)为信号分子、LuxS为调节蛋白介导的LuxS/AI-2 QS是瘤胃微生物之间交流的主要通讯机制，影响着瘤胃微生物对饲料的利用效率。本文从AI-2的化学结构和转导途径对微生物LuxS/AI-2 QS进行总结，对LuxS/AI--2 QS在反刍动物瘤胃微生物定殖和饲料消化过程中的作用进行综述，并对LuxS/AI-2 QS在饲料消化、应激调控中的潜在作用进行展望，以期为通过LuxS/AI-2 QS调控瘤胃微生物消化代谢和稳态的生产策略提供理论参考。

胆汁酸是一种胆固醇衍生物，对提高每日膳食中脂肪的消化与吸收率具有显著功效。在肝内，细胞利用胆固醇形成初级胆汁酸，初级胆汁酸在肠道菌群产生的蛋白酶的影响下产生次级胆汁酸，极大地扩大了肠道环境的分子多样性。目前最常见的次级胆汁酸受体为跨膜G蛋白胆汁酸偶联受体-5(GPBAR1,也被称为TGR5)和核受体法尼类X受体(FXR),在调节机体健康中起着多效性作用，特别是可以维持肠道菌群稳态和黏膜免疫系统平衡。本综述讨论了胆汁酸与肠道菌群的关系、次级胆汁酸的代谢以及次级胆汁酸及其受体在肠道免疫系统中的不同作用机制，可为肠道菌群在动物肠道疾病的防治以及相关研究等方面提供理论基础。

睾丸内的精子虽已成型，但仍需要在附睾中经过一系列修饰，使形态结构和功能进一步变化，才能获得运动和受精能力，这个过程即精子成熟。与哺乳动物相比，家禽附睾发生一定退化，但近年来越来越多的研究表明家禽附睾对精子成熟有调控作用。在畜禽良种繁育体系中，精子功能直接与繁殖效率高度关联，影响制种成本和养殖效益。因此，挖掘家禽精子功能和精液品质的调控机制，对于改善雄性不育、建立家禽繁殖性能的选育方法和改良技术具有重要的应用价值。本文将对家禽附睾功能及其对精子睾丸后成熟的作用机制研究进展进行综述，以期为进一步研究附睾的家禽繁殖性能调控机制奠定基础。

基因组选配(genomic mating, GM)是利用基因组估计育种值、风险指数(有效性)、交配亲本互补信息等概念进行选配优化的方法，其侧重于最佳的交配组合而不是截断式选择，可以有效控制群体近交速率的增长、维持遗传多样性，是基因组时代下最具前瞻性的理论方法，具有更高的可行性、有效性，有望实现长期可持续的遗传进展。本文介绍了基因组选配的基本概念、原理与方法，并综述了畜禽育种中利用基因组信息优化选配的应用现状。此外，还提出了基因组选配亟待解决的问题以及未来研究方向。通过对这些问题的探索和研究，进一步提升基因组选配的效果，为推动畜禽育种的长期可持续发展提供参考。

作为雄性动物产生精子和分泌雄激素的重要器官，睾丸的温度调节对其正常生育能力的维持至关重要。热应激诱导的睾丸细胞氧化应激、凋亡、DNA损伤、血睾屏障损伤、雄激素分泌异常等一系列反应，会对睾丸细胞、精子质量、精子使卵母细胞受精的能力和支持胚胎发育的能力产生不利的影响。本文旨在综述睾丸的温度调节机制、热应激对睾丸细胞和精子质量的负面影响，以期为热应激对雄性生殖的影响研究提供参考。

牦牛广泛分布于海拔3 000～5 000 m的高原地区，是当地畜牧业经济发展的重要畜种。经过长期适应性进化，牦牛在生理结构以及遗传分子方面表现出高原适应性特征。随着组学技术的广泛应用，牦牛高原适应机制得到进一步揭示。本文参考国内外相关报道，对牦牛高原低氧适应的肺、心生理结构和分子机制，高寒环境适应的被毛周期性调控及脂肪沉积代谢的分子机制，抗病分子基础，雌雄牦牛繁殖的生理基础和分子机制相关研究进展进行综述和展望。

奶牛能量负平衡(negative energy balance, NEB)是奶牛产后泌乳初期常会发生的一种代谢性疾病，当奶牛摄入能量无法满足其消耗能量时就会达到NEB状态。奶牛处于NEB状态时易引起患病率增加、妊娠率降低、生产性能下降，给集约化奶牛生产带来很大的经济损失。随着分子、组学技术的广泛应用，奶牛泌乳初期NEB对牛卵泡发育的影响机制得到进一步揭示。本文根据近年来相关报道，综述奶牛早期泌乳NEB对牛卵泡发育分子机制相关研究进展并进行展望，以期为减少NEB对奶牛繁殖性能的不利影响提供理论参考。

脱氧雪腐镰刀菌烯醇(deoxynivalenol, DON)是一种常见的污染粮食、饲料和食品的霉菌毒素，严重影响人和牲畜的健康。猪对DON非常敏感，DON可造成猪拒食、生长抑制、呕吐以及器官损伤、细胞毒性、免疫毒性等毒害作用。本文主要综述了DON对猪的毒害作用、毒理机制以及解毒剂开发等方面的研究进展，尤其关注DON毒理作用的遗传调控研究，旨在为从遗传本质提高猪对脱氧雪腐镰刀菌烯醇的抵抗力提供更全面的参考。

支链氨基酸(branched-chain amino acids, BCAA)在家禽生长、生产性能、免疫功能和肠道健康等方面发挥着重要作用，涉及器官发育、免疫反应、肌肉蛋白周转和基因调控等关键过程。然而，单一BCAA的过量、缺乏或比例失衡均会影响家禽蛋白质合成和肠道健康，因此保持BCAA比例的平衡对于家禽的生产性能至关重要。尽管NRC(1994)提供了肉鸡、蛋鸡和种鸡的BCAA推荐量，但不同日粮蛋白质水平以及不同品种和生长阶段的家禽对BCAA的需求存在差异。同时，鉴于抗生素生长促进剂的禁用及养殖端所面临的多种疾病的挑战，也需要重新评估家禽对BCAA的推荐摄取水平。另外，BCAA在维持肠道完整性、调控肠道微生物组成以及提高机体蛋白周转效率的作用机理研究仍有待进一步探究。本综述在阐述BCAA在家禽中的营养生理作用以及其对生产和健康的基础上，推荐了不同饲养条件下不同肉鸡品种(肉鸡、蛋鸡和种鸡)BCAA需要量，以期为家禽低蛋白日粮BCAA推荐量提供理论参考。

肉色是衡量肉品质的重要感官指标，直接影响消费者的购买意愿。植物多酚是天然的抗氧化剂，日粮添加植物多酚可通过影响肌红蛋白氧化还原状态、脂质氧化程度及肌纤维类型来改善肉色及其稳定性。为进一步明确日粮中添加植物多酚调控肉色的作用机制，本文对植物多酚介导肉色稳定性的信号途径进行了综述，以期为今后通过在日粮中补充植物多酚调控机体抗氧化能力、促进肌纤维类型转化进而改善肉色提供理论依据。

鸡蛋蛋壳品质下降会造成经济效益损失和食品安全风险。产蛋鸡子宫部无机钙离子(Ca~(2+))的转运涉及不同的跨膜途径、离子稳态、相关转运基因和载体的表达，是蛋壳矿化及调控的重要环节。本文综述了子宫部Ca~(2+)转运途径、Ca~(2+)转运对蛋壳矿化和蛋壳品质的影响、营养因素对Ca~(2+)转运的调控作用，旨在为通过调节蛋壳矿化，改善鸡蛋蛋壳品质提供参考。

线粒体是动物细胞生产能量的主要场所，可参与三磷酸腺苷的产生、细胞线粒体Ca~(2+)稳态的维持，在调节动物机体能量代谢方面发挥重要的作用。目前，研究发现肠道微生物及其代谢产物可影响细胞线粒体代谢水平和功能，参与调节机体营养物质代谢周转速度，最终影响畜禽生长发育及饲料转化效率等。本文在总结线粒体生物学功能的基础上，重点阐述了肠道微生物及其代谢产物对线粒体功能的调节作用及影响因素，旨在为饲粮营养手段介导肠道微生物-宿主线粒体途径调节动物生长发育和肠道健康提供理论参考。

瘤胃微生物被称为反刍动物的“隐藏器官”,与宿主营养物质的获取和生理健康的维持密切相关；目前宏基因组测序发现瘤胃中超过5 800个基因组，然而超过90%的微生物尚未被培养，处于“生物信息黑箱”~([1])中。培养组学是一种采用多种培养条件，结合高通量测序技术鉴定菌种的培养方法。高通量、并行化的培养组学技术在瘤胃微生物中的应用，为在菌株水平上研究重点菌株功能及其与宿主互作关系提供了新的视角。然而，目前培养组学运用于瘤胃微生物的研究仍然较少，尚处于起步阶段。本文从瘤胃微生物特点、培养组学技术及其在瘤胃微生物培养中的应用现状、面临挑战等方面进行综述，为不断优化、规范化培养组学研究方案、拓展瘤胃可培养菌株资源、加快瘤胃生物信息黑箱的破解提供思考。

牛产后子宫复旧延迟会延长繁殖间隔，降低繁殖率。子宫复旧涉及产后子宫组织退化、修复与子宫肌层的重塑，其中干细胞、细胞因子与非编码RNA以及雌激素与孕激素等参与调控产后子宫组织修复与再生。同时，维生素与葡萄糖类物质、中药制剂、免疫调节因子等绿色、无公害防治方法能够有效促进牛产后子宫复旧。本文就牛产后子宫复旧调控机制及促进子宫复旧方法的最新研究进展进行归纳总结，以期为研究动物产后子宫复旧的分子调控机制及研发促进子宫复旧新方法提供一定参考。

细胞死亡是宿主抗病毒感染免疫的重要组成部分，病毒感染可引起不同形式宿主细胞死亡，包括溶解性和非溶解性两种细胞死亡类型。这两种细胞死亡类型不仅能够消除病毒感染细胞，而且还能够利用炎症因子释放进一步促进宿主先天和适应性免疫进程。反之，病毒也发展出不同规避机制来抑制宿主细胞死亡进而促进自身感染。本文就病毒感染与宿主抗病毒感染免疫之间的“博弈”——凋亡、坏死和焦亡调控机制研究进展进行综述，旨在为深入理解病毒的分子致病机制以及开发新的抗病毒策略提供参考资料。

原虫生活史复杂，大部分难以通过体外培养完成整个生活史，缺乏高效的基因编辑系统。CRISPR/Cas9系统可以通过人工设计的方式，实现基因的精确、高效、快速编辑，被广泛应用于基因工程各个领域。CRISPR/Cas9系统为原虫的未知功能基因研究开辟了新途径。本文介绍CRISPR/Cas9系统的原理和目前在寄生原虫中的基因定位、基因功能研究、高通量基因家族筛选等方面的应用。

外泌体作为细胞间微环境中的信使，能够将信号在细胞之间进行传递。肺泡上皮细胞通过分泌外泌体来调节机体固有免疫反应。在特定的刺激条件下，肺泡上皮细胞分泌的外泌体通过传递不同效应活性物质，靶向调节巨噬细胞极化通路中的基因表达，参与控制肺部炎症反应的巨噬细胞极化调节。本篇综述主要阐述肺泡上皮细胞源性外泌体，通过靶向调节巨噬细胞极化，调控急性肺损伤(acute lung injury, ALI)作用的最新研究进展，为相关研究提供参考。

旨在开展GREB1L和MIB1基因多态性与肋骨数和胴体性状(胴体长、胴体直长、胴体斜长及胴体重)关联分析，筛选关键功能位点。本研究选取屠宰日龄为215天的317头健康北京黑猪，并提取耳组织DNA,对GREB1L和MIB1基因进行引物设计、并利用聚合酶链式反应(PCR)技术和Sanger测序技术等对SNPs进行基因分型，计算变异位点基因型频率以及等位基因频率分布，并与肋骨数和胴体性状进行关联分析。试验共筛选到6个SNPs,包括GREB1L基因的3个同义突变、MIB1基因的2个同义突变和1个内含子区的可变剪切突变。将6个SNPs分别对肋骨数和胴体性状使用Duncan’s多重检验统计分析发现，GREB1L基因上的3个同义突变6:106574972 G>A、6:106648540 C>T、6:106648558 A>G与性状关联均不显著(P>0.05);MIB1基因上的1个同义突变6:106936590 C>T与胴体长显著相关(P<0.05);而内含子15～16的6:107016475 A>G可变剪切突变与肋骨数显著相关(P<0.05);第三个同义突变6:107028660 G>A与肋骨数和胴体性状均无显著差异(P>0.05)。结果显示，显著的2个位点可作为北京黑猪肋骨数及胴体长变异的候选基因功能位点。

肥厚型心肌病是猫最常见的原发性心脏疾病，典型特征为心脏左心室肥厚。心肌纤维化是猫肥厚型心肌病的标志性病理变化，其可导致心脏功能障碍和节律异常，是心肌病患猫预后不良的重要因素。对于猫肥厚型心肌病与心肌纤维化，目前缺乏针对性治疗，新型治疗方法亟需开发。本综述总结了猫肥厚型心肌病的病理特征以及目前关于猫心肌纤维化发病机制的研究进展，拟通过探索心肌纤维化的发病机制，从而为猫肥厚型心肌病新型治疗药物的开发寻找突破点。

旨在研究水通道蛋白9(aquaporins9,AQP9)及核糖体蛋白10(ribosomal protein S10,RPS10)基因多态性及其与北京黑猪背膘厚的相关性，以期能够获得北京黑猪背膘厚的有效标记。本研究以413头北京黑猪为研究对象，测定不同部位(肩部、6-7肋间、胸腰结合、腰荐结合)的背膘厚度。PCR扩增AQP9和RPS10基因的启动子区和外显子区序列筛选SNP位点，并将SNPs与各部位背膘厚进行关联分析。运用荧光定量PCR检测基因的差异表达。结果发现，AQP9基因启动子区有4个突变位点，其中1个SNP:rs332699245 A>C与胸腰结合处背膘厚关联显著(P<0.05),且该位点突变预测到了结合转录因子的改变；RPS10基因在3′UTR、CDS区共有8个突变位点，其中5个与背膘厚显著关联：rs80795904 C>G、rs80932213 T>C与6～7肋间背膘厚关联显著(P<0.05),rs3469834461 C>T与肩部背膘厚、四点平均背膘厚关联显著(P<0.05),rs80862457 C>T与胸腰结合处背膘厚、腰荐结合处背膘厚关联显著(P<0.05),rs336938272 A>C与6～7肋间背膘厚、腰荐结合处背膘厚、四点平均背膘厚均关联显著(P<0.05);且在3′UTR区检测到1个SNP(rs80862457 C>T),位于小RNA(microRNA,miRNA)结合靶点。基因表达差异分析表明，rs332699245 A>C中AA型个体的AQP9基因mRNA水平显著高于AC型个体(P<0.05),rs80862457 C>T中TT型个体的RPS10基因mRNA水平显著高于CC型个体(P<0.05)。综上所述，AQP9和RPS10基因与北京黑猪背膘厚显著关联，rs332699245 A>C和rs80862457 C>T位点可作为北京黑猪背膘厚选育的潜在分子标记，为北京黑猪的选育提供理论支撑。

旨在鉴别影响苏山猪初生体尺和乳头数性状的遗传位点，开发可用于辅助育种的分子标记，为苏山猪生长和繁殖性能的持续选育提供理论基础。本试验对269头苏山猪初生仔猪(出生后24 h内)的体尺和乳头数表型进行测定，并采集耳组织样品。基于全基因组重测序及基因型填充策略，利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)和群体分化指数(fixation index,Fst)的方法挖掘与目的性状强关联位点，并对位置功能候选基因开展GO和KEGG分析，确定最有可能的主效基因。本研究共鉴别到4个候选位点，分布在13、14和X染色体上，其中与初生体尺性状显著关联的位点有2个，与乳头数性状显著关联的位点有2个。本研究筛选出1个与体长性状相关的候选基因ACTA2;1个与胸围性状相关的候选基因COL4A6;3个与乳头数性状相关的候选基因ACTA2、CRTAP和SEPTIN6,为苏山猪初生体尺性状和乳头数性状的遗传改良提供了重要的分子标记。

旨在揭示肉鸡腿病发生的遗传机制以降低肉鸡腿病发生率。采用我国自主培育的“广明2号”多品系、多世代共2 331只白羽肉鸡公鸡作为试验素材，于42日龄通过X光鉴定腿部健康状况，利用“京芯一号”55K SNP芯片对全部个体进行基因分型，使用plink运用二分类性状的逻辑回归模型(logistic regression model, LR Model)对腿部健康表型进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)。将不同群体芯片数据合并进行质控后，保留2 330个个体(2 256只健康，74只患病)和30 414个SNPs位点用于后续分析。通过GWAS分析筛选到5个潜在SNPs位点，分布在6号和18号染色体上，分别注释到与腿病相关的3个功能候选基因TBCD、SIRT1和PBLD上。本研究为白羽肉鸡腿部健康表型提供了重要的遗传位点和候选基因，为推进肉鸡抗病育种进程提供遗传基础。

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因，为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型，经过质量控制和基因型填充后，保留35 046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构，利用混合线性模型(mixed-linear model, MLM)将出生年、出生月作为固定效应，将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示，在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP;在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs, 3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180 bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重，1个显著的SNP(SSC1:279 214 647 bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数，暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能，确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重的重要候选基因，MSH3和CBLB基因为影响荣昌猪死胎数的重要候选基因。以上结果为荣昌猪繁殖性状提供了重要的遗传变异位点和候选基因，也为荣昌猪繁殖性状的基因组选择提供了重要的理论基础。