MRP Protein Family of Foxtail Millet: Analysis of Sequence Characteristics, Molecular Evolution and Expression Pattern

Gao Hao, Man Xiaxia, Sun Zhaoxia, Han Yuanhuai, Li Hongying, Hou Siyu, Guo Shujin

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Journal of Agriculture ›› 2021, Vol. 11 ›› Issue (5) : 74-82. DOI: 10.11923/j.issn.2095-4050.cjas2020-0059

MRP Protein Family of Foxtail Millet: Analysis of Sequence Characteristics, Molecular Evolution and Expression Pattern

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Abstract

The aims are to study the gene structure and expression patterns of folate transport family members, and establish the foundation for exploring the molecular mechanism of folate transport in foxtail millet. Bioinformatics analysis of MRP family members was carried out with Phytozome, Clustal X, MEGA7.0 and other online tools and software. Based on the transcriptome sequencing data of foxtail millet, the expression patterns of foxtail millet MRP family members were analyzed. The results show that there are 21 foxtail millet MRP protein family members, most of which are distributed on chromosome 7, with 8 genes; 17 MRP proteins are alkaline and 4 proteins are acidic, and they are all hydrophilic proteins according to the hydrophobic value. The expression of SiMRP7 and SiMRP12 genes and the total folate content in foxtail millet tissue have a synergistic decrease trend, and these two proteins might play a regulatory role in the accumulation in foxtail millet. This study further identifies folate transport-related proteins, and could provide a theoretical basis for future research on folate metabolism pathway and gene mining.

Key words

Foxtail Millet / MRP Protein Family / Folate of Foxtail Millet / Bioinformatics Analysis / Expression Pattern

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Gao Hao , Man Xiaxia , Sun Zhaoxia , Han Yuanhuai , Li Hongying , Hou Siyu , Guo Shujin. MRP Protein Family of Foxtail Millet: Analysis of Sequence Characteristics, Molecular Evolution and Expression Pattern. Journal of Agriculture. 2021, 11(5): 74-82 https://doi.org/10.11923/j.issn.2095-4050.cjas2020-0059

0 引言

农产品质量安全关系公众健康和农业产业发展,是农业现代化建设的重要内容[1]。自2001年启动实施“无公害食品行动计划”以来,中国农产品质量安全平稳向好的发展态势,农产品质量安全水平有了明显提高。蔬菜、畜禽产品及水产品等农产品的例行监测合格率一直稳定在96%以上,与2001年相比,提高了30多个百分点。优质品牌农产品市场占有率也稳步提高,目前中国“三品一标”农产品总数达11.7万个,占农产品总量的40%,品牌农产品已成为出口农产品的主体,发挥了重要的引领、示范作用[2]。2015年粮食生产实现历史性的“十二连增”,中国农业发展进入稳产量、重质量、提效益的时期。

1 农产品质量安全发展主要成效

回顾过去的10年,农产品质量安全工作成效显著。在标准、检验检测、全程监管、评估交流等农产品质量安全保障体系建设方面取得了长足的进步。标准、溯源等体系建设步伐加快,检验检测技术研究与产品研发取得突破,全程监管能力显著增强,应急处置水平大幅提升,农产品质量安全、贸易安全和消费安全的保障水平显著提高[2,3,4]

1.1 农业标准体系不断完善

“十一五”以来,农业部以保障农产品质量安全为重点,实施标准先行,品牌增效发展战略,建设农业标准化体系,开展标准化生产创建,有力推动了农产品生产方式的转变,促进了中国农业产业化经营和规模化发展。据不完全统计,“十二五”期间,中国已组织制定4140项农药残留限量标准和1584项兽药残留限量标准,基本覆盖了中国主要食用农产品及常用农兽药的品种;制定发布了5121项农业行业标准和1.8万项农业生产技术规范,农业标准体系逐步建立和完善,目前,农业合作社和家庭农场基本能够实现按标生产。此外,还探索创建了一万多个园艺作物标准园、热带作物标准化生产示范园畜禽养殖标准化示范场及水产健康养殖示范场,创建了185个标准化示范县;认证的品牌农产品(无公害、绿色、有机和地理标志产品)总数已达11.7万个,更好地适应了城乡居民的消费需求[2]

1.2 检验监测水平明显提升

通过十余年的发展,中国农产品质量安全检测技术的自主创新能力得到大幅提升,农产品质量安全的监测能力有了明显的提高。以快速、经济、高通量为导向,研发了500余项以农兽药残留为主的残留确证检测技术,开发了以兽药、生物毒素为主的近600余种快速检测产品,国产快速检测产品的市场占有率从“十五”末期的不到10%上升至目前的80%以上[5]。特别是在生物毒素高灵敏检测技术及动物源性农产品中药物快速检测方面取得了重大突破。其中“动物性食品中药物残留及化学污染物检测关键技术与试剂盒产业化”成果获得2006年国家科技进步二等奖;“农产品黄曲霉毒素靶向抗体创制与高灵敏检测技术”与“基于高性能生物识别材料的动物性产品中小分子化合物快速检测技术”分别获得2015年国家技术发明二等奖;成果“动物源食品中主要兽药残留物高效检测关键技术”获得2016年国家技术发明二等奖。

1.3 全程监管能力显著增强

优质安全的农产品既是产出来的,也是管出来的。农产品生产、加工、流通等全过程的监管尤为重要。产地环境的质量好坏是影响农产品质量安全的第一道关口,近年了,产地环境中重金属的环境过程研究取得了较大进展,探索建立了中国主要农产品产地安全控制因子及评价指标体系,提出了适合中国农产品产地环境质量评价的方法和技术规程。通过开展农药、兽药、生物毒素等在农产品中的分布、富集、代谢规律及危害机理和消减规律等研究,提出了相应的控制技术措施。在兽药残留代谢研究方面,提出了中国自主创制兽药喹烯酮和乙酰甲喹毒作用的靶器官,揭示了喹烯酮和乙酰甲喹遗传毒性特点,为喹烯酮和乙酰甲喹的安全性评价及临床合理应用提供了大量基础数据[6]。在生物毒素的控制技术上,研究了花生中黄曲霉毒素污染控制技术,颁布实施了《花生中黄曲霉毒素污染控制技术规程》农业行业标准。

1.4 评估交流工作深入开展

自2012年以来,在全国范围内组织认定了100家农产品质量安全风险评估实验室和145家风险评估实验站,评估体系从无到有、评估能力由弱变强[7]。一方面,通过对隐患大、问题多的重点农产品品种和环节组织开展农产品质量安全专项评估,获取有效数据60万条,初步摸清风险隐患及分布范围、产生原因。目前,已构建农产品质量安全风险评估与监测数据平台,形成国家农产品质量安全监测信息平台数据上报系统、国家农产品质量安全监测信息平台数据分析系统、国家农产品质量安全监测信息平台综合管理系统以及农产品质量安全风险评估系统。另一方面,组建了农产品质量安全专家组,广泛开展农产品质量安全政策咨询、科普解读、热点回应、宣传培训等工作,建立了全天候舆情监测制度和上下联动、区域协同、联防联控的应急机制,应急处置水平大幅提高。

2 农产品质量安全面临的新形势

“十三五”是全面建成小康社会的决胜阶段,党的十八届五中全会审议通过的“十三五”规划建议,明确提出实施食品安全战略,推进农业标准化,构建从农田到餐桌农产品质量安全全过程监管体系的任务要求,为抓好农产品质量安全指明了方向。对农产品质量安全工作来讲,“十三五”是一个攻坚克难、快速提升的重要时期,主要面临的形势如下:

2.1 坚决守住农产品质量安全的底线

党的十八大以来,中央领导多次就农产品质量安全作出重要指示,提出明确要求,“产管并举”、“四个最严”。国务院将农产品质量安全纳入“惠民生政策落实”督察指标,强化考核评价、督查督办等制度。而新修订的《食品安全法》中也实施了一系列更严格的监管制度。中央的高度重视和明确要求,要求现阶段农产品质量安全工作要站在政治的高度,加快解决农产品质量安全的重点难点问题,守好农产品的质量安全底线。

2.2 扎实推进农业供给侧结构性改革

随着中国经济发展进入新常态,农业发展内外部环境也发生了深刻变化。2016年中央农村工作会议指出,提质增效转方式,推进农业供给侧结构性改革,是当前的紧迫任务。一方面,城乡居民农产品消费需求正从“吃饱”向“吃好、吃得安全、吃得营养健康”快速转变,多元化、个性化的需求显著增多。另一方面,目前中国农业生产大而不强、多而不优的问题仍然比较突出,只有大力推进农业供给侧结构性改革,尽快提高农产品的品质,才能更好地适应消费结构升级的需要。因此,扎实推进农业供给侧结构性改革,不仅要增加农产品数量供给,更要坚持质量兴农,实施农产品质量安全科技创新,实施农业标准化战略,突出优质、安全、绿色导向,从而全面提升农业素质、效益和竞争力。

2.3 紧紧抓住农业绿色发展良好机遇

自十八大以来,党中央、国务院作出一系列重大决策部署,推动农业绿色发展。在《关于创新体制机制推进农业绿色发展的意见》中首次系统提出推进农业绿色发展的体制机制安排,包括建立绿色农业标准体系。我们要紧紧抓住当前农业绿色发展的良好机遇,用好机遇,根据意见要求,制定修订相关国家标准和行业标准,强化农产品质量安全认证机构监管和认证过程管控;改革无公害农产品认证制度,加快建立统一的绿色农产品市场准入标准,提升绿色食品、有机农产品和地理标志农产品等认证的公信力和权威性;实施农业绿色品牌战略,培育具有区域优势特色和国际竞争力的农产品区域公用品牌、企业品牌和产品品牌。也包括加强农产品质量安全全程监管,健全食用农产品合格证制度,建立国家农产品质量安全追溯管理平台,加快农产品质量安全追溯体系建设。积极参与国际标准的制定修订,推进农产品认证结果互认。加快推进农业转方式、调结构,从源头上解决“产出来”的问题。

2.4 满足人民群众营养健康美好期待

随着农产品供求关系的变化和城乡居民安全消费意识的提高,人们对农产品的需求已开始由“吃得饱”向“吃得好、吃得安全”转变,现在大家消费农产品更多地考虑的是营不营养、健不健康、安不安全,农产品质量安全已成为人们最关心、最直接、最现实的利益问题之一。保证民众吃饱、吃好、吃得安全放心是最基本的民生问题,是全面小康生活应有之义。虽然近年来中国农产品质量安全水平有了很大提升,但问题隐患仍然存在,在一些地区、一些行业还比较突出,社会舆论高度关注,群众还不满意。农产品质量安全问题还时常发生,这既影响人民群众的满意度,也影响国际社会的认可度。发展的新阶段、人民的新期待已形成倒逼,农产品质量安全工作必须坚持目标导向,满足人民群众营养健康美好期待,给老百姓一个实实在在的交代[1,7-8]

3 农产品质量安全技术发展趋势

3.1 检验检测技术趋向小型化智能化

在农产品质量安全面临的新形势下,如何实现从种植养殖到收获、储藏、运输等流通环节的整个农产品产业链的全程监管,基地准出和市场准入的无缝对接,实现非专业人员的无障碍、标准化操作为,都对农产品质量安全检测技术特别是快速检测技术提出了更高的要求。目前,除提高检测灵敏度、扩展检测功能、扩大检测对象应用范围外,农产品质量安全检测技术及产品总的发展趋势是小型化、快速化及其智能化。
微电子机械系统,纳米技术与传感器技术在农产品质量安全检测领域的集成应用,推动了快速检测技术的小型化;而抗体、适配体等高效识别材料及分子印迹、纳米抗体、多功能抗体等新型识别材料的研发,也为实现农产品质量安全快速检测提供了重要的基础;基于现场快速检测技术、检测数据远程传输与处理、全球定位系统(GPS)为核心的三位一体的快速检验检测智慧平台,也必将为实现中国农产品智能化快速检测提供关键技术支撑[9]

3.2 风险评估技术趋向系统化精细化

近年来,以纳米技术、组学技术及计算分子生物学等为主的前沿技术在化学物质暴露评估中的应用日益增多,在一定程度上促进了农产品质量安全风险评估技术的快速发展,风险评估的精准性得到了提高。例如,将动物替代毒理学新方法即包括一般的体外染毒实验(如细胞组织培养),也包括暴露组分析技术(如基因组学、蛋白组学与代谢组学)等研究手段的应用,可以减少体内实验影响因素,在一定程度上提高风险评估的速度;而基于人源细胞系的机制通路(包括从细胞膜受体)研究逐渐通过验证,提高了健康效应评估的精确性;而生物标志物筛选监测技术的应用增强了风险评估过程中的敏感性和准确性,从而降低了评估的不确定性[10,11]
如何高效地从大量数据中获得有用信息也成为农产品质量安全风险评估技术研究的重点之一,而这一工作涉及的关键技术就是数据挖掘技术。采用数据挖掘技术可以过滤大数据资源的噪声,更加精准地获取有价值的信息,特别是如逻辑回归模型,神经网络模型及贝叶斯方法模型等机器学习,一方面能够实现从海量的数据中挖掘出存在关联的信息,一方面能够将分割的数据关联化,从而提高风险评估的准确性。
基于不同需求和国情,模型的建立及相关软件的开发应用也是推动风险评估技术发展的重要方面,依据临界效应的剂量-反应关系建立的基准剂量(BMD)模型、基于生理模型的药代动力学、药效动力学(PBPK/PD)模型软件均已在风险评估中广泛应用;暴露边界比(MOE)法是对不能进行风险实际定量描述风险情况下健康关注程度描述突出了一个相对指标,相关模型和商业化软件也在不断推进,这些风险评估相关软件的研发能够增加评估技术的准确性,必将带动农产品质量安全相关风险评估理论和方法的发展[9,10]

3.3 过程控制技术趋向精准化定向化

虽然基于危害分析的临界控制点(HACCP)在总体上是适于农产品的安全管控,但由于农产品的生物活性属性,自然生产特征以及供给的时效性等因素,使得农产品质量安全控制技术具有复杂性和特殊性。在过程控制关键技术研发上,通过检测不同环节的污染水平与分布,确定污染物的来源;通过研究污染物降解、代谢、迁移转化等过程行为,解析污染物的归趋;通过研究确定关键控制点合风险预警阈值,预测评估模型等关键技术,进行混合污染物在农产品生产及收储运等全程精准综合防控技术是今后农产品质量安全过程控制技术发展的重要方向之一。
此外,针对农产品生产过程中影响农产品质量的关键危害因子的污染途径与过程控制技术开展定向化的研究,包括中国主要农兽药的行为归趋、典型产地环境污染对农产品质量安全的影响及特定生产环节中关键或典型危害因子的精准化控制消减技术研究,将成为推动供给侧改革,实现精准农业的有效途径。

3.4 溯源鉴别技术趋向集成化物联化

目前农产品质量安全溯源技术主要分为信息追溯技术及真实性识别溯源技术研究两个方面。在以生产档案记录为基础的信息追踪与溯源技术方面,可追溯系统应用研究成为热点,主要依托传感网及数据处理、电子标签(RFID)及无线应用、数据库与并行计算等技术的建立,实现对每一个过程的流通做到来源可溯,去向可查。目前,该技术在高附加值农产品物流仓储的追溯环节应用前景广泛。随着物联网经济的发展,信息追溯技术趋向网络化和智能化[9]
而在以产品表征分析为基础的身份识别与溯源技术方面,同位素质谱技术发展迅速,除目前常用的同位素氮、碳同位素外,氢、氧、硫、硼和锶同位素技术的应用有效性也日益凸显,通过分析不同地域农产品中同位素组成特征、差异,建立溯源数据库或绘制溯源地图,可以实现对不同农产品的产地溯源。基于DNA指纹分析建立的鉴别技术由于分析精度高,也成为农产品品种鉴别和溯源的一项关键技术。
近年来采用锶同位素以及稀土元素对农产品产地进行溯源的有效性日益凸显;在加工农产品过程中品质指标的变化溯源技术得到重视;以及将集成稳定同位素质谱技术、核磁共振技术、DNA指纹图谱技术、代谢指纹图谱技术、红外光谱技术以及矿物元素指纹图谱技术等形成的综合溯源技术系统能够提高农产品溯源的精准度[9,10,11,12]

4 结论

通过十余年的发展,中国农产品质量安全在标准化体系、检测监测技术水平、全程监管能力以及责任落实等方面取得了显著的成效;“十三五”是中国农产品质量安全发展的重要机遇期,在新形势下,农产品质量安全检测监测体系、评估体系、标准体系和控制体系等构成的科技支撑体系的发展必将成为推动农产品质量安全产业发展强有力的技术手段。

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