由甘蔗花叶病毒引起的玉米矮花叶病是我国黄淮海地区玉米生产的重要病害，开发抗矮花叶病基因分子标记是开展抗病分子标记辅助育种的基础。本文基于玉米6.00-6.01区域的“一致性抗甘蔗花叶病毒QTL区间”寻找抗病基因的功能保守域，依据序列多态性开发出抗病分子标记InDel-130和InDel-110，在已知抗性的102份玉米自交系中进行验证。通过分析标记抗病带型和感病带型中的抗病和感病自交系数目，卡平方测验表明标记InDel-130在供试自交系中与抗病性的表现独立无关，而标记InDel-110与甘蔗花叶病毒抗性高度相关，为共显性标记，可用于玉米抗甘蔗花叶病毒种质筛选和分子标记辅助育种。

为探讨冬枣优良单株选择的遗传基础，本研究收集了河北、山东冬枣优良单株及对照冬枣共52株，以金丝小枣和尖枣做类外对照进行AFLP分子标记研究。实验选用16对M/E引物组合，共扩增出565条带，基于SM相似系数，利用UPGMA法对多态性谱带进行聚类分析，结果表明：冬枣优良单株群体内存在一定的遗传差异，但这种差异小于冬枣与金丝小枣和尖枣间的遗传距离，因此在聚类图中将冬枣、金丝小枣和尖枣分为3类；冬枣优良单株群体在聚类图中分成若干组，其中河北黄骅原始冬枣林古树和源于原始冬枣林的黄骅采穗圃冬枣优良单株，遗传距离相对较远；山东滨州各县的冬枣优良单株和沾化冬枣古树遗传距离较近，但存在个别变异较大的单株。上述结果证实冬枣是一个存在变异的群体，包含不同类型的品系，不同来源的冬枣优良单株存在一定的遗传变异，说明冬枣优良单株的优良性状不完全是立地条件和栽培技术引起的环境饰变，这一研究结果为冬枣的遗传改良和品种内选优提供了理论依据。

为了在茶树中开发EST-SSRs功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的3288条茶树(Camellia sinensis) ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列，得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有385条，共486个EST-SSRs，平均相隔2.10 kb出现一个SSR。在2-6 bp的重复基元中，二核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(51.97%)，其次是三核苷酸(19.55%)。对所有的重复基元类型进行统计分析发现, 所占比例最高的是AG/CT(47.74%)，其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%)。利用Prime 5 软件，设计了206对EST-SSRs引物，随机选用72对引物进行SSR扩增，发现31对引物可以扩增出条带，其中29对引物具有多态性，多态性比率为93.5%。这些EST-SSRs将有助于茶树基因组学方面的研究。

利用小麦SRAP标记对22个河南省小麦品种进行了遗传多样性分析，10对引物组合扩增获得169个条带，其中70个条带具有多态性，多态条带百分率为41.42％，每对引物平均产生7个多态性条带。22个供试材料的带型按照条带的有，无分别记录为1，0后，采用Nei 72方法计算不同品种的遗传距离,利用NTSYS软件进行非加权成组法（UPGMA）进行了聚类分析。结果表明SRAP标记技术能较真实地反映小麦品种间的亲缘关系，可以用于小麦品种遗传多样性的研究。

采用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）对236份新疆小麦地方品种的高分子量麦谷蛋白亚基(HMW-GS)的组成进行了分析。结果表明：Glu-1位点共有19种等位基因，其中Glu-A1位点3种，Glu-B1位点7种，Glu-D1位点9种；亚基null、7+8、2+12在各自的位点上出现频率最高，分别达到91.95％、85.17％、80.93％；亚基组成类型共有21种，主要为null/7+8/2+12，频率达70.34％；同时筛选出33份含有1、2*、13+16、14+15、5+10、1.5+10、17+18等优质亚基的材料，可作为优质基因源。利用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳（A-PAGE）对其中的65份地方品种进行醇溶蛋白多样性分析。结果表明：电泳出现64条迁移率不同的谱带，构成65种组合，其中ω区出现的谱带最多，达17条，其次是β和γ区各16条，α区出现的谱带数最少，为15条。从每条谱带在65份材料中出现的频率看，总的变异范围为1.54%~93.85%；α、β、γ和ω四个分区多样性指数（H′）分别为0.498、0.386、0.523和0.348。这表明新疆麦区小麦地方品种贮藏蛋白位点存在丰富的遗传多样性。

对侧耳属（Pleurotus）14个种的14个菌株，亚侧耳属（Hohenbuehelia）1个种和离褶伞属（Lyophyllum）1个种的DNA拓扑异构酶II（EC 5.99.1.3）部分序列进行扩增分析。以灰盖鬼伞（Coprinus cinereus）、新型隐球酵母（Cryptococcus neoformans）和玉米黑粉菌（Puccinia polysora）等担子菌为外群，采用最大距离法、最大简约法和最大似然法构建侧耳属的系统发育树。结果表明：作为外群的三个物种独立于所有供试材料；侧耳属菌株作为一大类与供试的离褶伞属和亚侧耳属分开。侧耳属14个种又可细分成六支：可能为侧耳属起源最早的P. flabellatus、P. salmoneostramineus和P. djamor组成一组；P. tuberregium和P. pulmonarius均自成一组；P. abalonus和P. cystidiosus均产生束梗孢，聚为同组；P. eryngii var. eryngii、P. eryngii var. ferulae和P. nebrodensis为一组；另一组由P. ostreatus、P. columbinus、P. cornucopiae和P. citrinopileatus组成。按照侧耳属物种菌丝类型的不同，构建的系统发育树将该属14个种进行系群划分，单、二系菌丝分属于各个不同的分支中，说明单、二系菌丝均为多系起源，与用28S rDNA序列进行系统分析的结果一致。

用RAPD标记对来自不同产地的24份金莲花种质从分子水平开展遗传多样性研究，为综合评价我国金莲花资源现状及植物资源的合理保护提供参考。结果显示，30条RAPD引物共扩增获得194条清晰可辨条带，其中多态性条带108条，多态性位点百分率为55.67%，金莲花总多样性指数为0.1460，居群内遗传多样性为0.0591，Shannon’s多样性指数为0.2248；通过UPGMA进行聚类分析，将24份金莲花种质划分为3个大类，根据总遗传多样性和居群内遗传多样性计算不同居群间遗传分化系数为0.6902，基因流估计平均值为0.2244。研究结果表明，目前我国金莲花种质资源的遗传多样性指数偏低，应该尽快采取相应措施，对不同金莲花资源进行合理保护。