利用SSR标记对来自中国不同省市的76份糯大麦种质的遗传多样性进行分析，并以遗传相似系数为基础进行聚类分析。SSR标记分析表明，50对大麦SSR引物在76份糯大麦中共扩增出203个等位基因，属于高度多态性位点范畴。当遗传相似系数为0.70时可将76个糯大麦品种划分为5个类群，在一定程度上反映了与材料的地理来源和皮裸性。糯大麦资源平均Shannon多样性指数显示,来自云南和西藏的糯大麦品种遗传多样性略高。SSR标记分析表明,中国糯大麦具有丰富的遗传多样性，对揭示糯大麦的起源与传播以及对资源的有效利用具有现实意义。

突变体是研究植物基因功能和培育优质高产作物新品种的重要材料。本研究以半矮秆广亲和粳稻亲本02428为父本，以其半矮秆突变体02428ha为母本进行杂交，从其 F6稳定群体中筛选到3个双矮品系08-4、08-12和08-19，2008年测量其株高分别为62.4±3.3cm、66.0±1.5cm和67.5±1.7cm。分别以3个双矮品系为亲本,与南京6号、南京11号及培矮64S杂交进行遗传分析，结果表明，3个双矮品系的矮生性状均受两对隐性半矮秆基因控制，其中1对基因与半矮秆基因sd1等位，另1对为与sd1不等位的隐性半矮秆基因sd-h(t)。本研究为半矮秆基因sd-h(t)的分子定位、基因克隆及其作用机理的探究奠定了基础。

选用13个水稻不育系和19个恢复系按NCⅡ设计配制两套不完全双列杂交组合151个，2005年分别在重庆和泸州种植，结合AFLP和SSR标记位点的遗传效应，预测7个产量性状值。用两套组合F1产量性状对标记多态性位点进行筛选，获得阳性位点和增效位点及其加性和（或）显性效应值，通过逐步回归构建分子标记遗传效应预测产量性状模型，并对不同亲本组合（套间预测）及固定亲本组合产量性状进行了预测。结果表明：（1）阳性和增效位点进行套间预测的效果，绝大多数不理想（预测值与实际值的相关系数为-0.55～0.45），且预测效果不稳定；（2）阳性和增效位点对第二套固定亲本组合的预测效果相近，均优于套间预测，其中对固定恢复系组合的预测好于对固定不育系；（3）对固定亲本组合大部分产量性状的预测达到较理想水平，其中增效位点对固定不育系组合结实率、固定恢复系组合有效穗数、阳性位点对固定恢复系组合穗着粒数、单穗重的预测在0.6以上。用分子标记遗传效应预测产量性状，只需少数标记，应用方便，特别是对水稻育种亲本选配具有重要指导意义。

采用RAPD和ISSR分子标记技术对38份苦瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明：10 个RAPD 和10个ISSR 引物分别扩增出 93 条和81 条带，多态性比率分别为50.54%和61.29%；RAPD 和ISSR 标记检测供试材料的遗传相似性系数（GS）范围，分别为0.287~1和0.221~1，ISSR（平均GS值0.672)检测多态性效果高于RAPD（平均GS值0.694）。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群6组，分类结果与苦瓜瓜瘤的表型分类比较相似；ISSR标记聚类分析将供试种质分为3个类群7组，ISSR标记划分类群与形态上以颜色分类比较接近。RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关（r=0.550）。两个标记整合后聚类分析可检测到更大的遗传变异，结果与苦瓜的农艺性状分类和地理分布有一定的相关性。

为了明确人工合成的萝卜抗菌肽Rs-AFP2基因编码产物是否对一些重要农作物病原真菌有抑制作用，本文将该基因编码序列亚克隆到原核表达载体pGEX-4T-1上，构建成GST-Rs-AFP2融合蛋白表达载体。经异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导，获得了以包涵体形式表达的GST-Rs-AFP2重组蛋白。经过裂解、洗涤、溶解、复性、离心等处理，获得了纯化的GST-Rs-AFP2融合蛋白。对重要作物病原真菌进行体外抑菌分析的结果表明，Rs-AFP2可以显著抑制水稻纹枯病菌、小麦纹枯病菌、小麦根腐病菌、棉花黄萎病菌、小麦赤霉病菌的菌丝生长，说明RsAFP2可作为上述植物病害抗性基因育种的潜在基因。

利用已经分离的植物纤维素合成酶基因的Cellulose_synt结构域为检索序列，从NCBI和其他数据库中调取已完成测序的物种的纤维素合成酶的氨基酸序列，共涉及10个物种的171个基因，基于以上氨基酸序列，应用MEGA4.0生成系统进化树。结果表明CesA基因和Csl基因直向的相似度远大于平行的相似度且它们的分化可能在单子叶和真双子叶植物分化之前，单子叶和真双子叶植物的最近共同祖先中至少存在7个CesA基因，综合已知的模式植物CesA 基因的功能(初生壁或次生壁形成特异性)，可为推测其他物种中该基因的功能提供帮助。

与钙传感器类钙调磷酸酶B蛋白（calcineurin B-like protein, CBL）互作的蛋白CIPK（CBL-interacting protein kinase）在植物特定的生长发育和应答胁迫过程中起重要作用。对前期研究得到的玉米ZmCIPK31基因构建原核表达重组载体，进行原核表达分析，转化重组质粒的大肠杆菌BL21菌株能够诱导出期望的目的蛋白。蛋白可溶性分析表明，它是可溶性的蛋白，通过淀粉树脂柱对其进行纯化，为下一步激酶活性分析提供了有活性的目的蛋白。同时，克隆了ZmCIPK31基因起始密码子ATG上游包括2189bp的启动子区段，顺式作用元件预测分析表明此区段不仅具有TATA-box和CAAT-box等启动子共有序列，还具有光应答、胁迫应答、发育相关、激素相关及其他功能未知的调控结构域。聚乙二醇（PEG）胁迫下，ZmCIPK31基因的诱导表达进一步表明其能够应答胁迫，且在地上部和根中的表达模式不同。

选取大豆品种中黄18为实验材料，利用60对SSR核心引物对经过不同老化时间处理的群体及其繁殖后代群体进行遗传完整性分析。结果显示，经过老化处理的群体及其繁殖子代群体与未经老化处理的对照群体相比，等位基因频率、有效等位基因数没有显著差异，表明经过老化处理种子及其繁殖子代群体的等位基因频率变化不大。未经老化处理、发芽率为98％的对照群体（G0-1）与其繁殖一代、繁殖二代群体相比，等位基因数、遗传多样性指数、香农指数和稀有等位基因数没有显著差异，且遗传一致度相对较高；而经过老化处理、发芽率低于85％的群体（G0-3和G0-4）及其后代繁殖群体与对照群体相比，等位基因数、遗传多样性指数、香农指数和稀有等位基因数显著或极显著降低，且遗传一致度相对较低。因此，种子老化较繁殖世代对大豆种质群体的遗传结构影响更大。

本研究利用普通小麦直链淀粉合成酶GBSS基因及支链淀粉关键合成酶SSⅡ基因的特异分子标记鉴定了黄淮冬麦区自20世纪50年代以来253份主推品种，发现8份品种缺失Wx-B1基因，其中5份材料（小偃168、秦麦1号、83S502、山东935031、山东928802）是新发现的缺失Wx-B1基因的小麦品种，未发现Wx-A1、Wx-D1基因缺失类型品种；所鉴定253份品种的SSⅡ基因均为野生型，未发现缺失突变类型。通过对8份缺失Wx-B1基因品种直链淀粉含量分析，发现这些品种的直链淀粉含量差异较大，变异范围为19.9%～33.0%，其中豫麦47、83S502和中育5号3个品种的直链淀粉含量较低，分别为19.9%、21.3%和26.4%，可以用于优质面条小麦品质改良。

利用68对SSR引物对91份粳稻品种进行了遗传多样性分析。研究结果，共检测到293个等位基因，平均4.3个；平均多态信息含量(PIC)为0.313，变动范围为0.022~0.825。RM333和RM206的等位基因数最多，分别为14、10；且PIC也最高，分别为0.825、0.805。聚类和群体差异分析结果表明，东北三省水稻品种的遗传基础狭窄。黑龙江省和吉林省、黑龙江省和日本、吉林省和日本水稻品种间遗传距离都很小，分别为0.083、0.084.0.090，而辽宁省水稻品种遗传基础与吉林省、黑龙江省有一些差异。 9个地理来源的品种聚类结果，可分为5个大类群，黑龙江省、吉林省、日本和韩国形成第Ⅰ类群；北京和辽宁省归为第Ⅱ类群；中国台湾、云南省、美国分别为第Ⅲ、第Ⅳ和第Ⅴ类群。东北三省作为重要的粳稻生产基地，但遗传基础非常狭窄，要克服遗传脆弱性应从地理位置较远的国家或地区收集更丰富的遗传资源。

大豆品种早熟18是抗疫霉根腐病的有效抗源。本研究鉴定和分子标记早熟18的抗疫霉根腐病基因，以期为该品种的有效利用及分子辅助育种奠定基础。以感病大豆品种Williams与早熟18杂交建立分离群体。抗性遗传分析表明，早熟18对大豆疫霉菌抗性受一个显性单基因控制。该基因被定名为RpsZS18。SSR标记连锁分析表明RpsZS18位于大豆分子遗传连锁群D1b上的SSR标记Sat_069和Sat_183之间，与这两个标记的遗传距离分别为10.0 cM和8.3 cM。RpsZS18是D1b连锁群上鉴定的第一个抗疫霉根腐病基因。

选用分布于水稻12条染色体上的64对SSR引物，对江苏省育成以及日本引进的粳稻品种共30份材料进行遗传多样性分析。结果表明，有50对SSR引物在30个品种间表现为多态性。共检测到140个等位基因，每对引物的等位基因数变幅为2～5个，平均为2.8个。有效等位基因为94.336个，平均为1.887。每个SSR位点的多态性信息量（PIC值）变化范围为0.064~0.752，平均为0.410。30个品种间的遗传相似系数变幅为0.386～0.956之间，平均值为0.719，且81.4％的供试品种其遗传相似系数在0.600～0.800之间，亲缘关系较近；以遗传相似系数为原始数据，按UPGMA方法将30个品种划分为3大类群，结合系谱分析结果表明，江苏省育成的水稻品种遗传多样性不够丰富，多数品种间的亲缘关系较近，欲进一步提高江苏省水稻产量还需拓宽亲本选择范围，扩大遗传背景。

应用AFLP技术,对60个栽培蕉和野生蕉种进行了遗传多样性分析及分类研究。在相似系数0.62的水平上将供试的60份蕉类植物分为4个群体;在相似系数0.64的水平上将栽培蕉划为两个类群;在相似系数0.83的水平上将香牙蕉类群划分为6个亚群;认为传统地将Cavend ish亚群分为5个类别的分类依据与基因型之间并无严格的对应关系。将Saba归入ABB群体;吊罗矮蕉和北大矮蕉2号很可能是同一品种;国家果树种质广州香蕉圃收集的小米蕉、63-1与华农香蕉园种植的小米蕉、63-1均属同名异物情况。

应用ISSR-PCR和HPLC方法研究了头花蓼的遗传多样性与没食子酸之间的关系。ISSR结果显示居群总的遗传变异较大(Ht=0.2746),居群内的遗传变异较小(Hs=0.0804),居群间的遗传分化大于居群内的遗传分化。没食子酸含量经SPSS17.0分析显示,各居群间和居群内个体的没食子酸含量差异较大,居群间没食子酸含量范围在0.1738%～0.3306%,其中云南腾冲县,贵州台江县、纳雍县、余庆县、晴隆和毕节县居群间没食子酸含量差异均达到显著水平。通过对头花蓼48个地理居群的遗传多样性与没食子酸含量的相关分析,表明云南腾冲,贵州台江、毕节市亮岩镇、晴隆、盘县居群的遗传多样性指数、没食子酸含量较高,不仅可以作为人工育种的选育材料,而且对于头花蓼种植适生地区划研究具有很好的参考价值。

对随机选取的国内外22份黄子白菜型油菜和22份褐子白菜型油菜进行了种皮色泽的显隐性关系鉴定、黄子性状的等位性测验以及遗传多样性分析。结果表明,黄子白菜型油菜与褐子白菜型油菜配组的杂交组合中,部分组合的F1种皮色泽呈现父本的种皮色泽,表现出花粉直感现象;自然界中存在多种白菜型油菜黄子类型,鉴定出的3种黄子白菜型油菜与褐色白菜型油菜的F2种皮色泽均为褐色,表明黄子性状对于褐子性状为隐性;分子标记方差分析结果显示,白菜型油菜的生长习性所解释的遗传变异大于种皮颜色所解释的遗传变异,表明国外不同生长习性的黄子白菜型油菜资源可用于国内黄子白菜型油菜遗传基础的拓宽。

对黄山群体种自然杂交后代种质资源表型性状进行调查,从中筛选出204份种质作为试材,对其儿茶素6种组分进行测定并进行遗传多样性分析。结果表明,黄山群体种自然杂交后代在儿茶素组成成分上存在丰富的多样性和变异,遗传多样性指数平均为1.78,变异系数平均为31.2%。根据儿茶素品质指数和儿茶素总量分别对204份种质进行聚类分析,筛选出适制绿茶的种质材料15份、适制乌龙茶的种质6份、适制红茶的种质7份。从中筛选出一批特异的资源,儿茶素总量、酯型儿茶素含量、酯型儿茶素/儿茶素总量之比均较高的种质材料4份,品质指数高的特异资源5份。

为了挖掘野生稻中的抗病资源,根据已克隆的植物抗病基因核苷酸结合位点序列中的保守结构域设计3对简并引物,从疣粒、药用、高秆、宽叶和斑点野生稻基因组DNA中分离出13条NBS类抗病基因类似物,其中11条具有连续的ORF,具有NBS类R基因的保守基元P-loop、kinas-2、kinas-3a和GLPL。在NCBI上进行同源性搜索发现,其中12条RGAs的核苷酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有66%～94%的同源性,与其他植物已知R基因具有67%～84%的同源性;其对应的氨基酸序列与水稻已知的NBS类R基因具有43%～93%的同源性,与其他植物已知R基因具有37%～79%的同源性。另外1条的核苷酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有76%的同源性,其氨基酸序列与水稻假定的NBS类R基因具有74%的同源性。根据序列分析结果设计6对不同基因特异性引物,并利用RT-PCR技术进行表达分析,结果表明,RN1BD5、RN1BD10、RN1GG2和RN1YY6均能表达,说明这些片段可能是功能性抗病基因的部分序列;而RN1KY9和RN1GG5没有表达,可能是假基因。

从大豆中克隆一个抗逆相关的bZIP类转录因子基因GmAREB,功能分析表明:GmAREB基因的过表达可以显著提高转基因拟南芥和烟草的抗旱、耐盐和耐寒性。为了获得抗逆转基因小麦,本研究利用玉米的Ubiqutin启动子控制GmAREB基因表达,构建了用于小麦转化的载体pSK-GmAREB。采用基因枪共转化法转化小麦品种郑147和济麦22。通过PCR检测共获得T0代的阳性植株70株,转化率为1.37%。其中,郑147阳性植株共31株,转化率为2.14%;济麦22阳性植株39株,转化率为1.08%。目前,已经获得T1代转基因株系18个,其中以郑147为受体的株系4个,以济麦22为受体的株系14个。对部分株系进行Southern blotting分析,进一步证实GmAREB基因已经整合到小麦基因组中。在低温胁迫条件下,3个以济麦22为受体的转基因株系体内脯氨酸的积累与受体小麦相比有显著增加,初步证明在小麦中过表达GmAREB基因,可以促进渗透调节物质脯氨酸的积累,可能有助于转基因小麦抗逆性的提高。本研究为进一步筛选抗逆转基因小麦新材料奠定了基础。