鱼类多样性的保护对于生态系统的科学管理和资源的可持续利用至关重要。环境DNA metabarcoding技术的出现和应用为水生生物的调查与监测带来了强有力的技术革新。本研究以浙江舟山近海岛屿——西轩岛为例，设计了4个不同采样站位，先后于2019年2月(冬季)、5月(春季)和11月(秋季)共采集水样12个，通过环境DNA提取、扩增、高通量测序以及生物信息学分析，对西轩岛近海鱼类多样性进行了分析，同时评估了鱼类多样性的时空差异。结果显示，共监测到鱼类33种，隶属于12目26科32属，其中，鲈形目(Perciformes)种类最多，共19种，约占所有种类的57.6%。不同采样季节的多样性指数和均匀度指数均存在显著差异，表明季节可能是影响西轩岛近海鱼类多样性的因素之一。综合时间和空间分析的结果显示，在繁殖季节且远离舟山本岛一侧的采样点监测到的鱼种数量更多。通过比对之前传统渔业资源调查的结果发现，不同季节优势种存在较大变化，可能与采样点数量较少且集中有关。进化树富集结果显示，各季节的优势鱼种与传统调查手段的结果有较大差异，表明目前环境DNA仍不能完全替代传统调查方法，但可以将环境DNA方法与传统的调查方法相结合，以确保监测结果的准确性和可靠性。