牦牛DRA基因克隆测序及生物信息学分析

张丽, 王媛媛, 王瑞, 刘丽霞

浙江农业学报. 2023, 35(07): 1564-1570

浙江农业学报 ›› 2023, Vol. 35 ›› Issue (07) : 1564-1570.

牦牛DRA基因克隆测序及生物信息学分析

  • 张丽, 王媛媛, 王瑞, 刘丽霞
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摘要

为全面解析牦牛MHCⅡ类基因结构与功能，采用分子克隆测序技术对大通牦牛DRA基因编码区进行等位基因频率估算并进行生物信息学分析。结果显示：大通牦牛DRA基因编码区含有762 bp的开放阅读框，共编码253个氨基酸；共有3个SNPs(g.2376C>T、g.2851C>G、g.3016C>A),其中第2、3外显子分别存在1个C→T的同义突变和C→A的错义突变(L→M),这两个突变均降低了大通牦牛DRA基因mRNA二级结构的稳定性；g.3016C>A突变前后编码蛋白质的分子量、原子总数、脂肪系数、不稳定系数、总平均亲水性方面存在差异；生物信息学的方法分析显示，BoLA-DRA基因是MHC基因家族中高度保守的基因。该研究结果可以为大通牦牛DRA基因结构与功能的研究奠定基础。

关键词

DRA基因 / 编码区克隆 / 突变位点 / 生物信息学 / 大通牦牛

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基金

西北民族大学中央高校基本科研业务费资金资助项目(31920200074,31920210061);西北民族大学研究生科研创新项目(Yxm2021074)

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