作物基因编辑效果可视化鉴定软件

尤琪, 吴文文, 姜艺

浙江农业学报. 2022, 34(12): 2759-2766

浙江农业学报 ›› 2022, Vol. 34 ›› Issue (12) : 2759-2766.

作物基因编辑效果可视化鉴定软件

  • 尤琪, 吴文文, 姜艺
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摘要

CRISPR编辑系统结合高通量测序，可实现高效评估基因编辑效率和准确度，并在遗传学、生物学、医学等多个领域得到广泛应用。然而，高通量测序数据缺乏一个一键流程化界面工具来实现突变效率和准确度的评估。为此，开发了一个基于Python的可视化工具——作物基因编辑效果可视化鉴定软件。该软件可对高通量基因编辑数据进行批量计算，可一键实现数据的预处理(拆分和合并)、突变类型和效率的检测和可视化图表输出。该软件提供了界面化程序，用户只需鼠标点击即可实现数据的导入和结果的输出。分析结果以多种格式输出，图像支持缩放和颜色更改，方便后期结果整理和撰写论文。此外，该软件安装使用简单，并支持多操作系统(Windows、Linux和MacOS)使用。目前该软件的使用手册和程序包已上传到开放软件平台，方便下载和使用。

关键词

高通量数据 / 可视化界面 / 变异计算 / 基因组编辑效率

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尤琪, 吴文文, 姜艺. 作物基因编辑效果可视化鉴定软件. 浙江农业学报. 2022, 34(12): 2759-2766

基金

国家自然科学基金(32000458); 中国博士后科学基金面上项目(2018M642342); 江苏省高等学校自然科学研究面上项目(18KJB180029); 江苏省研究生科研与实践创新计划(SJCX21_1609)

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