块菌又称松露，为珍稀野生药食兼用的大型真菌，具有极高的营养保健价值。密码子使用偏性分析可为块菌的遗传进化与资源开发提供理论依据。基于黑孢块菌(Tuber melanosporum)、白块菌(T.magnatum)和波氏块菌(T.borchii)的基因组数据，利用CodonW 1.4.2、Mega X软件和EMBOSS在线网站，系统分析3种块菌基因组密码子使用特征及其影响因素。结果显示，3种块菌基因组密码子使用模式高度相似，密码子第3位偏好鸟嘌呤或胞嘧啶(G/C),有效密码子数值较高，其中，黑孢块菌与波氏块菌密码子使用性相似度最高，白块菌鸟嘌呤或胞嘧啶碱基相关参数均较高。3种块菌最优密码子中G/C结尾的分别占81.8%、78.9%和61.9%,三者共有的高频密码子24个，共有的最优密码子14个，均偏好鸟嘌呤或胞嘧啶或胸腺嘧啶结尾的密码子，但总体偏好性不强。奇偶偏性、ENC-GC3s关联、中性绘图和对应性分析显示，3种块菌密码子使用偏性形成受选择压力等多种因素影响，其中黑孢块菌主要受翻译选择压力影响，白块菌主要受翻译选择外的其他因素影响，波氏块菌受选择压力影响相对较弱。研究表明，3种块菌基因组密码子使用模式相似，偏性较弱，表达潜力较低，受多种因素影响，研究结果可为块菌的物种演化研究和遗传育种提供理论基础。