为探明制备传统中药芜荑的发酵菌种,对芜荑的发酵基质蒙古黄榆Ulmus macrocarpa Hance var.mongolica的果实内生菌和自然发酵后的菌株进行分离纯化,并采用显微形态特征和序列分析方法进行鉴定;采用Illumina Miseq?/Hiseq高通量测序技术,对通过有氧发酵和无氧发酵2种方式获得的果实自然发酵产物的真菌群落结构和多样性,进行形态学与内转录间隔区(ITS)、 β-微管蛋白基因(BenA)和钙调蛋白基因(CaM)的序列联合分析。结果显示,从蒙古黄榆果实中分离鉴定出米曲霉Aspergillus oryzae、黄曲霉A. flavus和烟曲霉A. fumigatus 3种内生真菌;自然发酵的蒙古黄榆果实中鉴定出有氧发酵真菌属水平构成为:青霉属Penicillium(42.9%)、曲霉属Aspergillus(30.8%)、小穴壳菌属Dothiorella(24.9%)及其他真菌(1.4%);无氧发酵真菌属水平构成为:根霉属Rhizopus(55.7%)、Penicillium(24.4%)、Dothiorella(12%)及其他真菌(7.9%)。自然发酵果实中分离鉴定出优势真菌6种:米曲霉A.oryzae,黄曲霉A.flavus,灰带蓝曲霉A.glacus,亚曲霉A. subramaninii,米根霉R. oryzae,产黄青霉菌P. chrysogenum。蒙古黄榆果实内生真菌在2种发酵方式中均起到重要作用,从菌种方面为中药芜荑的规范化发酵制备提供了研究基础。