精子发生是一个复杂的过程,目前家禽的精子发生机制尚未彻底阐明。因此,鉴定调控种公鸡精子发生的候选基因,对于探究家禽的精子发生机制具有重要意义。对8只海兰褐公鸡的睾丸与附睾样本进行miRNA测序,筛选差异表达miRNA并对其进行靶基因预测和功能分析。结果表明,在睾丸和附睾样本中共检测到718个miRNA,其中109个miRNA差异表达。这些差异表达的miRNA中有40个在睾丸组织中显著上调,69个在附睾组织中显著上调。对差异表达miRNA进行靶基因预测并取交集,共得到11 077个靶基因,其中在睾丸组织中上调差异表达miRNA的靶基因有4 784个,在附睾组织中上调差异表达miRNA的靶基因有6 293个。对差异表达miRNA的靶基因进行功能分析,GO富集分析结果表明,睾丸和附睾中靶基因主要富集于细胞过程的负调节、细胞生物合成过程的调节、生物合成过程的调节等生物学过程。KEGG分析结果表明,与精子发生相关的靶基因显著富集于MAPK信号通路。本研究发现miR-31、miR-499、miR-375和miR-34c可能是调控鸡精子发生的候选基因。

利用生物信息学方法分析鸡ITGB1基因结构及其编码蛋白理化性质,结构位点及细胞定位等,旨在进一步探究该基因功能与潜在用途。同时从GenBank中下载鸡、鹅、鸭、火鸡、人、猪、兔、小鼠、大鼠、绵羊、黑猩猩11个物种的ITGB1基因CDS序列为材料,对该11个物种的ITGB1蛋白序列进行同源性和系统进化分析。结果表明,该基因CDS区长度为2 412 bp,共编码803个氨基酸,其相对分子质量为88 618.48,理论等电点为5.14;其是一个亲水性的稳定蛋白,有信号肽;蛋白二级结构上,含有162个α-螺旋, 459个无规则卷曲,182伸展条和一个跨膜结构。鸡ITGB1基因的编码蛋白经同源性比对,发现其与鹅、火鸡、鸭的ITGB1蛋白高度同源。利用生物信息学方法对ITGB1基因及其表达的蛋白进行研究,有助于理解该基因在鸡这一物种上的相关作用,为进一步开发利用鸡ITGB1基因进行禽业生产、禽病防控以及分子育种提供了参考依据。

旨在探究非洲猪瘟(ASFV)病毒感染猪肺泡巨噬细胞后在体内的作用方式。以感染ASFV的猪肺泡巨噬细胞(PAMs)的mRNAs和microRNAs测序数据为基础,利用生物信息学软件对数据进行处理,得到了一批差异表达基因;利用基因功能富集和对应蛋白互作解析生物学通路;再利用mRNAs和microRNAs的互作方式确认重要的靶标关系。结果表明:ASFV改变了PAMs中1 181个基因的表达量;主要调控宿主在能量代谢过程(如脂质分解、有机羟基化合物代谢、碳水化合物分解代谢、一元羧酸代谢),以及细胞周期过程(如有丝分裂细胞周期过程、细胞周期相变、细胞周期的正向调控);ASFV还引起了PAMs中25个microRNAs的差异表达,包括病毒相关的miR-27b-3p、miR-193a-3p、miR-132等;而miR-27b-3p作为表达丰度最高的差异microRNA,它与一些重要的差异基因(如PLK2、HSP90AA1等)存在着靶标关系,进而调控机体免疫和细胞周期相关通路。综上所述,ASFV感染PAMs后的作用方式包括破坏宿主在能量代谢和细胞周期方面的稳态,以及打破了机体microRNAs调节平衡;其中miR-27b-3p等小RNAs可以作为ASFV研究的靶向分子。

为了更好地保护和利用盆周山地猪这一遗传资源,利用猪50K SNP芯片,对盆周山地猪保种群内所含的152头健康种猪进行了SNP检测,利用Plink软件计算群体的多态性标记比例、期望杂合度、观测杂合度,SNeP(V1.1)软件计算有效群体含量;利用Plink软件构建状态同源(IBS)矩阵,Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵;利用Mega X(V10.0)分析盆周山地猪保种群家系结构;利用Plink软件计算每个样本的连续性纯合片段(ROH)个数和长度,并计算基于ROH的近交系数。结果表明,整个盆周山地猪保种群体的多态性标记比例为0.660 1,有效群体含量为7.4头;群体期望杂合度为0.289 2、观测杂合度为0.294 7;群体平均IBS遗传距离为(0.234 1± 0.027 3),公猪的平均IBS距离为(0.228 0±0.033 5);现有群体大致可分为5个包含公猪的家系和1个不含公猪的家系,家系A和D的公猪数量相对较少;在盆周山地猪保种群中共发现ROH片段3 737个,含21~25个ROH的个体数量占比最多(32.24%),ROH长度在100~200 Mb的个体数量占比最多(42.11%),群体平均近交系数为0.085。综上所述,盆周山地猪保种群体遗传多样性较丰富,但部分个体间存在较大的近交风险,群体家系较少,个别家系内公猪个体数量少,存在血统流失风险。

为了了解拉萨裂腹鱼的生化遗传特性,丰富拉萨裂腹鱼种质资源研究的内容。借助聚丙烯胺凝胶对拉萨裂腹鱼5种组织(心脏、眼睛晶状体、肌肉、肝脏和血清)中的乳酸脱氢酶(LDH)、5种组织(心脏、眼睛晶状体、肌肉、肝脏和肾脏)苹果酸脱氢酶(MDH)以及肝脏醇脱氢酶(ADH)进行了电泳分析。研究结果表明:所测样本鱼心脏、眼睛晶状体、肌肉、肝脏和血清中的LDH酶带数分别为:6~10条,8~10条,4~7条,0~7条和1~7条,LDH-C基因只在肝脏中表达;心脏、眼睛晶状体、肌肉、肝脏和肾脏中MDH酶带数分别为6~7条,2~6条,5~7条,5条和3~5条;肝脏ADH酶带数为3条。拉萨裂腹鱼的LDH和MDH同工酶系统具有组织特异性和个体差异性。组织特异性主要体现在酶带数目和表达活性程度不同两方面,与各组织执行生理功能密切相关。拉萨裂腹鱼同工酶个体差异性可能是其漫长的进化过程中为了能适应特殊生境的需要。