为了解人工养殖活动对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)天然群体遗传多样性的影响，本研究基于SLAF-Seq测序技术所开发的SNP分子标记，对江苏克氏原螯虾主产区（微山湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖）和非主产区（滆湖、固城湖和阳澄湖）7个天然群体进行遗传多样性和遗传结构特征分析。在7个群体210尾个体中共检测到176486个SNP和24828个Indel，平均Q30和GC含量分别为92.77%和44.31%。结果发现：7个克氏原螯虾天然群体的平均多态信息含量(PIC)为0.2070~0.2246；期望杂合度(H_e)为0.2388~0.2854，观测杂合度(H_o)为0.3204~0.3387，群体中存在杂合子过剩现象。群体间遗传分化系数(F_st)为0.033~0.124，表现为中度分化；7个群体可分为4个血统，洪泽湖、骆马湖、高邮湖、滆湖4个群体划为一群，微山湖、固城湖和阳澄湖3个群体均单独划为一群，不同群体间显示出明显的地理分布格局。连锁不平衡分析表明，克氏原螯虾群体的LD衰减距离较短，100 bp物理距离内r²衰减至0.1以下。进一步的选择清除分析显示，主产区与非主产区不同群体间共有153个受到强烈选择的基因组区域，受选基因显著富集在Cell cycle、AMPK signaling pathway以及Meiosis等与克氏原螯虾能量代谢、氧化应激以及生长发育等生物学功能密切相关的基因通路。本研究揭示了江苏克氏原螯虾主产区和非主产区天然群体的遗传多样性特征，以期为国内克氏原螯虾种质资源的开发、利用与保护工作提供理论依据。